Запланированные исследования: появление штаммов Bordetella pertussis с дефицитом эритромицина, пертактина и нитчатого гемагглютинина — Пекин, Китай, 2022-2023 гг.

Коклюш, широко известный как коклюш, вызывается грамотрицательными бактериями. Бордетелла коклюш. Варианты вакцинации Б. Захлебывающийся кашель Вакцины включают цельноклеточные коклюшные (кК) и бесклеточные коклюшные (аК). Бесклеточные вакцины обычно состоят из белков, очищенных от… Б. Захлебывающийся кашельОсобенно нитевидный гемагглютинин (Fha), коклюшный токсин (Ptx) и пертактин (Prn), часто включающий фимбриальные белки (Fim2 и Fim3). В 1990-х годах многие страны рекомендовали заменить менее перекрестно-реактивные вакцины против ПП вакцинами против WP (1). В Китае Национальная программа иммунизации вводит вакцину против дифтерии и столбняка с 1980-х годов. Переход на вакцину против дифтерии и столбняка-aP (DTaP), которая включает Ptx, Prn и Fha в качестве биоактивных компонентов, произошел в период с 2007 по 2013 год (2).

Возрождение коклюша представляет собой серьезную глобальную проблему общественного здравоохранения, главным образом из-за ускользания вакцины и антигенных сдвигов в организме человека. Бордетелла коклюш. Была заметная разница в антигенах. Б. Захлебывающийся кашель между штаммами, циркулирующими в популяции, и штаммами, обнаруженными в вакцинах (3—4). Штаммы, имеющие новый промотор Ptx (ptxP3(выявлены в различных странах, включая Китай)5—7). Важные факторы вирулентности, такие как Prn и Fha, оба являются неотъемлемой частью… Б. Захлебывающийся кашель Вакцины показали различия. Первое сообщение о дефиците PRN Б. Захлебывающийся кашель Штаммы возникли в США в 1994 г. (4), аналогичные штаммы позже были идентифицированы в Китае в 2019 году (8). Случаи дефицита Fha Б. Захлебывающийся кашель Породы также были задокументированы. Кроме того, отмечен высокий уровень резистентности к макролидам. Б. Захлебывающийся кашель штаммы, особенно в Китае с 2013 года, которые связаны с мутацией A2037G в гене 23S рРНК (5—6).

С 2022 года две дозорные больницы в Пекине провели исследование по эпиднадзору за коклюшем, отслеживая случаи с подозрением на коклюш и проводя лабораторные исследования на коклюш. Б. Захлебывающийся кашель С помощью ПЦР в реальном времени с января 2022 г. по декабрь 2023 г. Всего 44 Б. Захлебывающийся кашель Штаммы были выделены из мазков из носоглотки, взятых у 44 амбулаторных пациентов, в том числе 13 младенцев, 28 детей и 3 взрослых. Эти штаммы были подвергнуты генетическому анализу путем секвенирования с использованием системы Illumina HiSeq 2500. Этот анализ был сосредоточен на генах, кодирующих восемь антигенов, связанных с вакцинами.btxa, btxc, btxp3, brn, fim2, fim3, fhaB, И tcfA) и ген системы секреции III типа (бакалавриат), были проанализированы с использованием BLAST с порогом E-значения 1e-5. Аллельные различия по btxa, btxc, btxp3, brn, fim2-1, fim3-1, fhaB, tcfA2, И бакалавриат Они были идентифицированы путем сравнения на платформе BIGSdb-Pasteur (https://bigsdb.pasteur.fr/cgi-bin/bigsdb/bigsdb.pl?db=pubmlst_bordetella_seqdef). Все решено Бордетелла коклюш Штаммы имеют одинаковый антигенный профиль: ptxA1, ptxC2, ptxP3, prn150, fim2-1, fim3-1, fhaB1, tcfA2, И bscI2. Стоит отметить, что 14 штаммов имели прн150 аллель на той же последовательности ДНК, тогда как у остальных 30 штаммов этот аллель был разделен на две группы из-за генетического дефекта в участке на 240 п.н. выше прн сайт инициации, который был идентифицирован как общий механизм дефицита PRN (4). Это нарушение характеризовалось перекрытием 6 пар оснований (GCTAGA) и было связано с обратной вставкой IS481, на что указывает терминирующая последовательность «CTAG» (номер доступа M22031) (рис. 1). 1). Местоположение и ориентация этой вставки были подтверждены секвенированием третьего поколения двух штаммов, один из которых был интактным. прн150 (BJSY2023BRK008) и один сломан. прн150 (BJSY2022BRK001), который был выполнен на платформе PacBio. Полный геном BJSY2022BRK001 подтвердил обратную вставку IS481 в прн (Изображение 2). Кроме того, у двух штаммов наблюдался дефицит Fha, о чем свидетельствует делеция «G» в положении 1087 в гомологичном G-тракте Федеральное жилищное управлениеранее зарегистрированная мутация, вызывающая этот дефицит (3).

Рисунок 1.

Сравнение завершилось сбоем прн Джин с полным прн150 аллель, выделяющий шесть перекрывающихся оснований (GCTAGA) между контигами. OP866997-prn150: не поврежден прн150.

Фигура 2.

Полностью охарактеризованные кольцевые и усеченные геномы. прн150 Гены. Фиолетовое кольцо обозначает BJSY2023BRK008, а голубое кольцо — BJSY2022BRK001. На схеме показаны полные структуры генов. прн150 И прн150 С реверсивным входом IS481.

каждый Бордетелла коклюш Штаммы имели идентичные последовательности гена 23S рРНК и обнаруживали мутацию A2037G. Тестирование чувствительности, проведенное с использованием электронных тест-полосок, показало, что все штаммы были устойчивы к эритромицину и азитромицину, при этом минимальные ингибирующие концентрации (МИК) превышали 256 мкг/мл.

Филогенетическое дерево было создано на основе 148 основных SNP. Б. Захлебывающийся кашель Геном. Эта сборка включает геномы всех штаммов, проанализированных в этом исследовании, два эталонных генома (Tohama I, NC002929.2 и CS, CP086368) и еще 102 генома, полученных из базы данных NCBI (BioProject no. PRJNA908268). Анализ не выявил специфической связи между 44 изолированными штаммами (Рисунок 3).

Рисунок 3.

READ  Новая теория в физике претендует на решение тайны сознания

Филогенетическое дерево, основанное на основных SNP Бордетелла коклюш. Геном, отмеченный голубым фоном, был секвенирован в этом исследовании, а красные линии представляют собой штаммы с дефицитом Prn. Геномы, отмеченные красным и зеленым шестиугольником, представляют собой вакцинные штаммы и штаммы с дефицитом Fha соответственно. Штаммы, выделенные в ходе этого исследования, были распределены по различным группам внутри дерева.

Сокращение: SNP = однонуклеотидный полиморфизм.