Дикая природа в Британии свободна от SARS-CoV-2, но у горностаев обнаружен новый вирус

Ученые в Великобритании провели крупномасштабное исследование саркоидных вирусов и коронавирусов в целом в британской дикой природе, чтобы исследовать возникновение крупномасштабных побочных эффектов. Они выявили новый вирус мелкого горностая, недавно завезенный на Оркнейские острова.

В настоящее время исследование доступно по адресу биоRxiv* Препресс сервер.

Исследование: отсутствие обнаружения SARS-CoV-2 в британской дикой природе в 2020–2021 годах и первое описание минаковируса (Mustella armenia). Изображение предоставлено: Стивен Моррис/Shutterstock

*Важная заметка: биоRxiv В нем публикуются предварительные научные отчеты, которые не прошли рецензирование и поэтому не должны рассматриваться как окончательные, направляющие клиническую практику/поведение, связанное со здоровьем, или рассматриваться как достоверная информация.

фон

Коронавирусы представляют собой разнообразную группу оболочечных РНК-вирусов, обнаруженных у самых разных позвоночных-хозяев, включая людей и домашних собак. Среди различных родов альфа- и бета-коронавирусы в основном вызывают инфекцию у млекопитающих.

Коронавирус тяжелого острого респираторного синдрома 2 (SARS-CoV-2), возбудитель пандемического коронавируса 2019 (COVID-19), представляет собой бета-вирус, который, как считается, был передан человеку от подковоносых летучих мышей (естественный хозяин). саркоидные вирусы из бетавируса) через спорадического хозяина, такого как енотовидная собака или малайский панголин.

Межвидовая передача коронавирусов тесно связана с повторным распространением SARS-CoV-2 на новых хозяев. Одним из основных результатов побочных эффектов является создание новых вирусных резервуаров. Более высокая восприимчивость к передаче вируса SARS-CoV-2 наблюдалась у многих животных, включая норок, хорьков и хомяков.

Учитывая эту предрасположенность, ученые разработали это исследование для выявления наличия коронавирусной инфекции у диких животных, обитающих в Великобритании. Известно, что животные, включенные в исследование, имеют более высокую восприимчивость к инфекции SARS-CoV-2.

Дизайн исследования

Всего было проведено исследование на 402 животных, принадлежащих к 14 видам, в первую очередь куньим и мотыльковым грызунам. Оральные, легочные, ректальные или фекальные образцы, собранные у животных во время пандемии COVID-19, подвергали полимеразной цепной реакции (ПЦР) для обнаружения вирусной РНК. В исследовании была проведена специфическая для сарбековируса количественная ПЦР и ПЦР на коронавирус SARS-CoV-2.

Для идентификации конкретных вирусных штаммов было проведено высокопроизводительное секвенирование и анализ генома вирусоположительных образцов. Кроме того, был проведен филогенетический анализ, чтобы понять генетические изменения, присутствующие в выбранных вирусных последовательностях.

Важные заметки

Сарбековирусная инфекция не была обнаружена ни в одном из собранных образцов. Однако коронавирусная инфекция была выявлена ​​в 57% ректальных проб, взятых у горностаев. Все горностаи, проанализированные в исследовании, принадлежали к той же популяции, которая недавно была завезена на Оркнейские острова.

Секвенирование генома и генетический анализ идентифицированных последовательностей горностаев показали, что новый вирус является членом подгруппы парвовирусов рода Alphacoronavirus, который тесно связан с коронавирусами норок, норок и хорьков.

Аннотация генома и организация последовательности выявили модельный геном альфа-коронавируса, содержащий 3′- и 5′-UTR, большую открытую рамку считывания (ORF1ab), кодирующую 16 неструктурных белков, и гены, кодирующие четыре структурных белка (шип, трансмембранный, оболочечный и нуклеокапсидные белки).

Дополнительные белки, кодирующие ORF, показали близкое сходство с ORF 3c и 7b коронавируса кошек. В этих регионах был идентифицирован ряд потенциально меньших ORF, которые, вероятно, связаны с другими дополнительными белками, гомологичными ORF3 или 7 других небольших вирусов и тегавирусов.

Исследование значимости

Исследование идентифицирует новый парвовирус, связанный с альфавирусами норок и мангустов в британской дикой природе во время пандемии COVID-19. Однако у этих диких животных не было обнаружено никаких следов широко распространенного SARS-CoV-2. Кроме того, исследование включает только ограниченный тип образцов для большинства протестированных видов животных. Таким образом, если инфекция SARS-CoV-2 ограничена несколькими конкретными тканями, может быть вероятность того, что исследование не смогло обнаружить низкий уровень циркуляции вируса у подопытных животных.

Высокая распространенность этого нового вируса наблюдалась у недавно интродуцированных горностаев на Оркнейских островах. Известно, что альфа-коронавирусы норок и хорьков вызывают различные заболевания, в том числе диарею и системное воспаление, подобное кошачьему инфекционному перитониту, вызванному кошачьим коронавирусом.

Как отметили ученые, необходимы дальнейшие исследования, чтобы понять патогенность этого нового вируса у горностаев. Поэтому они поместили собранные последовательности минаковирусов в базу данных NCBI GenBank.

*Важная заметка: биоRxiv В нем публикуются предварительные научные отчеты, которые не прошли рецензирование и поэтому не должны рассматриваться как окончательные, направляющие клиническую практику/поведение, связанное со здоровьем, или рассматриваться как достоверная информация.