Почему мы называем это BA.2.12.1? Путеводитель по взаимосвязанной семье Omicron

В обозримом будущем коронавирус SARS-CoV-2 продолжит эволюционировать в новые варианты, которые приведут к волнам инфекции. В 2020 и 2021 годах Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) объявила о появлении тревожных переменных, прежде чем Дайте им имена из греческого алфавита. Но в этом году Омикрон остался в центре внимания, так как члены его семьи — субварианты — подпитывают всплеск, поскольку они избегают антител, которые люди произвели в результате предыдущих инфекций и вакцин. Например, омикронный вариант BA.2.12.1 набирает обороты в Северной Америке и в настоящее время составляет около 26% геномов SARS-CoV-2, представленных в Инициативу данных GISAID, BA.4 и BA.5. Он быстро распространяется в Южной Африке.составляющий более 90% секвенированного генома.

Учитывая возрастающее преобладание подпеременных, вспыльчивый характер Я поговорил с исследователями, чтобы понять нынешние ненадежные имена и выяснить, почему ВОЗ не дала им греческие фамилии, которые могли бы побудить политиков принять более решительные меры.

Как ученые впервые идентифицируют переменную?

SARS-CoV-2 приобретает мутации по мере репликации в клетках. Технически это означает, что ежедневно появляются миллионы вариантов. Но большинство мутаций не улучшают способность вируса к выживанию и размножению, поэтому эти варианты со временем теряются, уступая место более благоприятным версиям.

Однако лишь малая часть вариантов набирает обороты. Когда это происходит, исследователи проводят геномное наблюдение за образцами, которые содержат один и тот же набор мутаций. Чтобы узнать, образуют ли эти образцы новую ветвь в генеалогическом древе SARS-CoV-2, они связываются с экспертами по биоинформатике, которые создали системы именования вируса. Одна известная группа под названием Pango состоит из примерно двух десятков биологов-эволюционистов и ученых-биоинформатиков, которые сравнивают последовательности образцов с сотнями других, используя филогенетическое программное обеспечение.

Название группы происходит от программы под названием Pangolin, первоначально созданной ученым-биоинформатиком Айн О’Тул из Эдинбургского университета, Великобритания. Если анализ показывает, что новые образцы получены от одного и того же современного общего предка, это означает, что они представляют собой отдельный штамм на дереве коронавирусов. При принятии решения о том, следует ли называть родословную, Pango принимает во внимание, часто ли появлялись варианты с течением времени и находятся ли их мутации в областях вируса, которые могут дать ему конкурентное преимущество. На данный момент родословная классификация не указывает на риск. Вместо этого он позволяет ученым наблюдать за переменной и узнавать больше.

«Мы хотим назвать все, что приходит к нам на ранней стадии, чтобы мы могли идентифицировать и отслеживать это, а также видеть, быстро ли оно растет по сравнению с другими линиями», — говорит Эндрю Рэмбо, биолог-эволюционист из Эдинбургского университета. И член Панго. «Вероятно, вы не услышите о большинстве штаммов, которые мы их называем», — говорит он, потому что они не могли конкурировать с другими версиями SARS-CoV-2 и исчезли.

Как называются переменные?

При наименовании варианта Комитет Панго использует иерархическую систему, которая указывает историю эволюции варианта и время его обнаружения по сравнению с другими. Инициалы в имени отражают, когда Панго дал обозначение родословной, а затем последовательно от А до Z, затем от АА до AZ, от ВА до BZ и так далее. Следующие числа, разделенные точкой, указывают расположение ветвей этой линии. Например, BA.1, BA.2, BA.3, BA.4 и BA.5 — это первые пять ветвей, происходящих от первоначальных предков омикрон. BA.2.12.1 является двенадцатой линией, ответвляющейся от BA.2, а затем первой названной ветвью в этом двенадцатом кусте. Все подпеременные являются вариантами, но исследователи используют первый термин, когда хотят указать, что линии принадлежат к более крупной группе, такой как Омикрон.

Если вариант ускользает от иммунной системы более эффективно, чем другой в кровотоке, вызывает более тяжелое заболевание или более заразен, ВОЗ может определить его как «вариант, вызывающий озабоченность» и изменить его название на греческую букву. Например, множественные родственные мутации в варианте с названием B.1.1.529 в прошлом году, наряду с его быстрым распространением, ВОЗ призвала сменить название на Omicron в ноябре 2021 года. Хотя технические названия Pango предназначены для того, чтобы помочь исследователям отслеживать эволюцию SARS-CoV-2, система ВОЗ отдает приоритет простоте коммуникации для общественности.

Учитывая все эти переменные, эволюционирует ли SARS-CoV-2 быстрее, чем другие вирусы?

Не обязательно, говорит Рамбо. Исследователи обнаруживают невероятное разнообразие SARS-CoV-2, но они также проводят секвенирование этого вируса с беспрецедентной скоростью. 11 миллионов геномов SARS-CoV-2 были загружены на популярную платформу данных GISAID с января 2020 года. В отличие от этого, исследователи загрузили около 1,6 миллиона последовательностей вируса гриппа в базу данных GISAID EpiFlu с мая 2008 года.

Тем не менее, говорит Рамбо, остается много вопросов о том, как развился SARS-CoV-2, потому что секвенирование практически отсутствует в некоторых частях мира, а некоторые страны со вспышками работают над сокращением генетического надзора.

Могут ли подварианты Омикрона, такие как BA.4, получить в конце греческие имена?

Да, хотя этого еще не было. Некоторые исследователи утверждают, что подварианты Omicron, которые в настоящее время вызывают мутации, такие как BA.4 и BA.2.12.1, заслуживают более простых имен, чтобы помочь общаться с правительствами и общественностью в то время, когда меры контроля COVID-19, такие как маски для лица, убывающий. Они также отметили, что в отличие от дельта-подпеременных, которые мало обсуждаются в средствах массовой информации, BA.4 и BA.2.12.1 могут преодолевать иммунитет, обеспечиваемый предыдущим заражением другими подпеременными Omicron. Это было неожиданно, говорит Хурия Тигали, биоинформатик из Центра эпидемиологического реагирования и инноваций в Стелленбосе, Южная Африка. «Все думали, что только новые варианты вызовут новые волны, но теперь, когда мы увидели, что Omicron может это сделать, возможно, нам следует адаптировать схему именования», — предлагает она.

Но Всемирная организация здравоохранения пока сопротивляется этой идее. Вирусолог ВОЗ Лоренцо Собиси говорит, что способность ускользать от иммунной системы существенно не различается между подпеременными омикронами. Он добавляет, что оценка агентства может измениться, если будущие исследования докажут, что один из подвариантов Омикрон вызывает более серьезные заболевания, чем другие разновидности Омикрон. Мария Ван Керхове, технический руководитель отдела ВОЗ по реагированию на COVID-19, добавляет, что агентство также не рекомендует менять художественный плакат на греческое имя в надежде мотивировать лидеров серьезно относиться к продолжающейся пандемии. «Это действительно ужасный вирус, который по-прежнему без необходимости убивает огромное количество людей», — говорит она, отмечая, что мировые лидеры уже должны обратить на это внимание.