20 апреля, 2024

hleb

Находите все последние статьи и смотрите телешоу, репортажи и подкасты, связанные с Россией.

Genomics Tricorder Tech: новый геном термофильных цианобактерий секвенирован и аннотирован с использованием платформы секвенирования Oxford Nanopore Technologies.

Genomics Tricorder Tech: новый геном термофильных цианобактерий секвенирован и аннотирован с использованием платформы секвенирования Oxford Nanopore Technologies.

Устройство MinION™ в расширенном виде. 290 1 В центре видна проточная кювета. Сверху имеется съемная крышка 291. Внизу показано устройство USB 3.0.

Примечание редактора: Технология Oxford Nanopore несколько раз использовалась на Международной космической станции (см. Геномика, Протеомика, Биоинформатика), чтобы попытаться выяснить изменения в функции генома во время воздействия условий космического полета. Эта технология также использовалась для отслеживания источников заболеваний в отдаленных районах, характеристики экстремофилов в Антарктиде и изучения источников загрязнения пищевых продуктов. Пока мы готовимся к путешествию удаленной команды по другим мирам, усовершенствованные версии этого типа технологии секвенирования станут важными компонентами инструментария экипажа.


В рамках этого проекта была протестирована и внедрена платформа секвенирования ДНК MinION. Было продемонстрировано, что секвенирование нового поколения (NGS) не ограничивается базовыми возможностями, а может выполняться в стандартной лабораторной среде.

Это делает MinION подходящим для децентрализованного скрининга штаммов, разработки и контроля качества в биотехнологической промышленности. В ходе программы раннего доступа MinION устройство использовалось для секвенирования новой кандидатной экстремофильной цианобактерии, выделенной из горячего источника в Кляйн-Бармен, Намибия. Новая сборка генома микроорганизма привела к образованию единственной бактериальной хромосомы без пробелов. Дополнительный анализ показал значительные различия/гетерогенность между родственными геномами. Это подтверждает новую природу секвенированного генома.

Последние достижения в технологии секвенирования нового поколения позволили проводить децентрализованное секвенирование ДНК с высокой пропускной способностью. Oxford Nanopore Technologies™ первой сделала свой долгожданный секвенатор ДНК нанопор доступным для более широкой научной аудитории. Компания выбрала несколько исследователей (около 1000) для начального этапа бета-тестирования и разработки. Что и послужило исходной основой для данной работы. Для меня было большой честью быть членом сообщества раннего доступа MinION™ (MAP). В этой главе основное внимание будет уделено основным теоретическим основам, чтобы сделать представленную работу понятной. Первый раздел начинается с истории секвенирования ДНК, а затем переходит к секвенатору ДНК Oxford Nanopore™ MinION™. Платформа микросеквенирования и ее производительность будут представлены и обсуждаться на протяжении всего исследования. В конце этой главы будет представлен тип Cyanobacteria.

READ  «Удачное открытие» астрофизиков объясняет, как галактики могут существовать без темной материи

MD-моделирование альфа-гемолизина 232 кДа с оцДНК от Klaus Schulten et al. Справа — иллюстрация пор и текущего профиля, созданная Вангом.

Устройство Oxford Nanopore Technologies™ MinION™. Слева: рабочая станция с портативной платформой для секвенирования ДНК. Вверху справа: Компоненты набора для секвенирования ONT для подготовки библиотеки. Внизу справа: Лабораторный журнал с бумажным контрольным списком для оптимального документирования и уменьшения ошибок при подготовке библиотеки. В ходе исследования с помощью ONT был разработан инструмент.

Филогенетическое древо цианобактерий Streptomyces (модифицированное с помощью Adobe AI).

Секвенирование генома de novo и аннотация термофильных цианобактерий с использованием платформы секвенирования Oxford Nanopore Technologiesbiorxiv.org

Астробиология

Член Клуба исследователей, бывший директор полезной нагрузки космической станции США / астробиолог, экзо-команда, журналист, альпинист-нарушитель, синестет, смесь на'ви-джедаев-фриманов-буддистов, ASL, ветеран острова Девон и базового лагеря Эвереста (он / он ) 🖖🏻