Новое исследование Окинавского института аспирантуры университета науки и технологий (OIST) и Токийского университета морских наук и технологий привело к созданию полезных генетических ресурсов креветок курума. Это один из самых крупных видов креветок (самки могут достигать 27 см в длину!). Встречается по всему Индийскому и Тихому океанам. В Японии они считаются деликатесом и с начала 1900-х годов были основным производителем рыбного промысла и аквакультуры (особенно на Окинаве). Но большая проблема с креветочными фермами заключается в том, что высокая плотность животных означает, что болезни могут быстро распространяться.
Одно из вызывающих беспокойство заболеваний — это вирусная инфекция, называемая болезнью белых пятен, которая является одним из наиболее опасных патогенов для выращивания креветок во всем мире. Это очень смертельно опасно и заразно. Вспышка уничтожила целые фермы всего за несколько дней.
Доктор Иичи Сёгучи, руководитель группы в единица морского генома в OIST. «Наличие этого генетического ресурса может быть полезно для производства устойчивой к болезням линии креветок или вакцин».
При поддержке OIST Секция секвенирования ДНКВ этом исследовании исследователи использовали два разных метода — секвенирование генома и секвенирование транскриптома — для получения этого генетического ресурса. Их работа опубликована в G3: гены l геном l генетика.
Геном — это полный набор генетической информации, присутствующей в каждой клетке. разделены на гены. Эти гены состоят из пар оснований ДНК, и каждый ген содержит необходимые инструкции для синтеза белка, что приводит к надлежащему уходу и поддержанию клетки. Чтобы выполнить инструкции, ДНК необходимо сначала транскрибировать в РНК. Транскрипт представляет собой набор всех этих генетических считываний. В некотором смысле транскриптом можно рассматривать как инверсию генома. Некоторые гены могут быть связаны с устойчивостью к болезням, а у некоторых людей могут быть варианты этих генов, которые приводят к более сильной устойчивости. Если эти гены будут идентифицированы, возможно, удастся создать устойчивую к болезням линию креветок.
Сначала исследователи сосредоточились на расшифровке генома. Они взяли одну креветку курума с коммерческой фермы на Окинаве и произвели начальные последовательности. Это привело к появлению нескольких коротких последовательностей ДНК, которые, хотя и были полезны, не предоставили исследователям достаточно доказательств, чтобы связать их вместе. По сути, у них были все кусочки пазла, но невозможно было собрать их вместе. Затем они использовали вторую технологию для получения более длинных, но менее точных последовательностей ДНК — каркасов генома. Объединив две последовательности вместе, они смогли собрать черновой вариант генома.
Затем исследователи проанализировали 49 образцов РНК от разных особей креветок (включая взрослых особей и личинок). Это дало им 66 406 высококачественных генетических считываний — черновую версию.
Объясняет г-н Сатоши Кавато, ведущий автор статьи и докторант Университета лаборатория геномикиТокийский университет морских наук и технологий. Это позволит нам лучше понять, как креветки реагируют на патогены, и поможет разработать стратегии предотвращения вспышек болезней. Генетические ресурсы также помогут решить различные другие аспекты биологии креветок, такие как рост и воспроизводство ».
Если сравнить их работу с работой родственников курумы — гигантской тигровой креветки и белоногой креветки, то было обнаружено, что почти 70% генов одинаковы у всех трех видов, что означает, что большое количество генов было сохранено.
«Мы считаем, что это послужит полезным ресурсом для будущих исследований, направленных на понимание основ биологии креветок», — заключил доктор Согучи. «Но его также можно использовать для управления рыболовством и создания программы разведения».
Ссылка: Кавато С., Нисицудзи К., Аримото А. и др. Ансамбли генома и транскриптома креветки курума, Marsupenaeus japonicus. Гены G3 | геном | Генетика. 2021; (jkab268). дуи: 10.1093 / g3journal / jkab268.
Эта статья была переиздана из следующих Материалы. Примечание: статья могла быть изменена по объему и содержанию. За дополнительной информацией обращайтесь к указанному источнику.
«Главный евангелист пива. Первопроходец в области кофе на протяжении всей жизни. Сертифицированный защитник Твиттера. Интернетоголик. Практикующий путешественник».
More Stories
Анатомия карты Gaia HR II. Вертикальная структура истории звездообразования по солнечному цилиндру Ежемесячные уведомления Королевского астрономического общества
Смитсоновский институт получит образцы астероидов, возвращенные НАСА
Птичий грипп: Европейское управление по безопасности пищевых продуктов рекомендует усилить защиту ферм от диких птиц