Продолжительность выделения варианта омикрон, выделенного из образцов верхних дыхательных путей, взятых у пациентов с зарегистрированными случаями в Японии.

В недавнем исследовании, опубликованном в возникающие инфекционные заболеванияВ этом исследовании исследователи провели ретроспективный анализ для оценки продолжительности распространения омикрона коронавируса тяжелого острого респираторного синдрома 2 (SARS-CoV-2). Они изучили клинические образцы, взятые из верхних дыхательных путей пациентов с вариантом Омикрон в Японии.

задний план

Вариант SARS-CoV-2 Omicron из-за высокой скорости заражения и трансмиссивности быстро распространился по всему миру. В нескольких исследованиях сообщалось о клиническом течении и продолжительности элиминации вируса у пациентов, инфицированных омикронами, на основе значений количественного цикла (Cq). Однако взаимосвязь между продолжительностью элиминации вируса и заражением вариантом Омикрон неизвестна.

Чтобы заполнить этот пробел, это исследование было разработано для оценки критериев изоляции пациентов, инфицированных SARS-CoV-2, инфицированных вариантом Omicron.

Дизайн исследования

В это исследование авторы включили остаточные клинические образцы, собранные у пациентов, инфицированных вирусом SARS-CoV-2 Omicron в Японии в период с 29 ноября.^уИ 2021 и 18 декабря^у2021. Вариант Omicron был секвенирован с помощью секвенирования всего генома, и полученные последовательности были загружены в Глобальную инициативу по обмену всеми данными о гриппе (GISAID).

Образцы слюны или носоглотки, взятые у больных коронавирусом 2019 (COVID-19) на карантине в аэропорту, были переданы в Национальный институт инфекционных заболеваний (NIID) для подтверждения инфекции омикронным вариантом. Количественная полимеразная цепная реакция с обратной транскрипцией (qRT-PCR) измеряла рибонуклеиновую кислоту (РНК) SARS-CoV-2, а также использовалась для анализа выделения вируса. Были измерены значения Cq, отражающие уровни вирусной РНК.

Для оценки распространения инфекционного вируса авторы классифицировали образцы в соответствии с датой постановки диагноза, датой появления симптомов и историей исчезновения симптомов. 18 пациентов с изучаемым заболеванием были вакцинированы SARS-CoV-2 не менее чем за 14 дней до постановки диагноза COVID-19. Из 18 пациентов 15 были бессимптомными, трое — бессимптомными.

результаты

Результаты этого исследования показали, что среди 101 проанализированного образца инфекционный вирус был обнаружен более чем у 9% инфицированных SARS-CoV-2 Omicron (всего 10; восемь бессимптомных и два бессимптомных пациента). Уровни РНК SAR-CoV-2 были значительно выше в образцах носоглотки и слюны с инфекционным вирусом, чем в образцах без инфекционного вируса. Более 41% вирусных изолятов было обнаружено в образцах, собранных через два-пять дней после постановки диагноза. Однако через десять дней после постановки диагноза COVID-19 вирусных изолятов обнаружено не было.

Авторы отмечают, что образцы от 20% до 30% пациентов с COVID-19, у которых развились симптомы коронавируса. Инфекционный вирус был обнаружен до появления симптомов у пациентов в течение девяти дней после появления симптомов, но не был обнаружен через десять дней после появления симптомов. Инфекционная вирусная экскреция была обнаружена у 30% пациентов в течение 2 дней после исчезновения симптомов, но через три дня после исчезновения симптомов распространения вируса не было обнаружено.

Заключение

Результаты исследования показывают, что полностью вакцинированные пациенты с COVID-19 с легким или бессимптомным вариантом омикронного варианта SARS-CoV-2 поражаются инфекционным вирусом в образцах в течение шести-девяти дней после постановки диагноза и до тех пор, пока симптомы не исчезнут, но не исчезнут. Инфекционный вирус выделяется через десять дней после появления симптомов. Это говорит о том, что могут быть различия в кинетике репликации вируса.

Однако у исследования есть ограничения, заключающиеся в том, что инфекционный вирус был охарактеризован анализами только у 18 пациентов, а инфекция вне исследования была неизвестна. Эпидемиологические данные о вторичных инфекциях, возникших от инфекционных вирусных больных, отсутствуют.

Кроме того, результаты анализа на выделение вируса и инфицирование зависят от процедуры сбора образцов, условий хранения и продолжительности. Таким образом, отрицательные отчеты об испытаниях не гарантируют, что в образце нет инфекционного вируса. Наконец, у некоторых пациентов, чьи образцы представляли собой слюну и чьи образцы были собраны во время карантина в аэропорту, качество образцов было недостаточным для выделения вируса.

На основании результатов этого исследования, статуса вспышки COVID-19 и критериев изоляции в других странах, 6 января 2022 г. в Японии были изменены критерии изоляции пациентов, инфицированных вирусом SARS-CoV-2 Omicron. Пациенты вакцинированы дважды больше не требуется для двух последовательных результатов. Чтобы получить отрицательный результат на COVID-19 через десять дней после постановки диагноза COVID-19 или появления симптомов.